De tyske tropper ankom til Rye flyveplads i løbet af formiddagen den 9. april, og allerede samme dag ankom det første fly til Rye. I de første dage var der hyppige starter og landinger, overvejende af Junkers Ju 52 transportfly og Messerschmitt Bf 110 jagerfly. Oplysningerne om Bf 110’erne stammer sandsynligvis fra en øjenvidne beretning, og det faktiske omfange kan meget vel være yderst beskeden.
Rye flyveplads havde sin største betydning i forbindelse med felttoget mod Norge, hvor flyvepladserne ved Aalborg spillede en vigtig rolle. Formodentlig pga. pladsmangel på Aalborg var dele af III/KG 26 (Kampfgeschwader) den 22. april 1940 placeret på Rye med Heinkel He 111H.
Den 28. april 1940 transporterede 35 Junkers Ju 52’ere benzin fra Rye til Stavanger, og næste dag transporterede 21 Ju 52’ere benzin og olie, ligeledes til Stavanger. Disse fly har muligvis tilhørt KGr.z.b.V (Kampfgruppe zur besonderen Verwendung) 107 eller 108, som i denne periode opererede i Skandinavien. I/LG 1 gennemførte den 1. maj et angreb mod Norge fra Rye (læs mere her), og på baggrund af aktiviteterne i besættelsens først måned, blev Rye flyveplads angrebet af RAF natten til den 3. maj (læs mere her).
Billedet til herover viser et træningsfly af typen Arado Ar 66C, fotograferet foran hangaren fra 1939. Billedet må være taget tidligt i krigen, idet hangaren endnu ikke er blevet sløret. Man kan se, at værkstederne/brandstationen til venstre for hangaren er blevet bygget på dette tidspunkt, og der er opført et flyveledertårn umiddelbart til højre for hangaren. I 1941 begyndte tyskerne at sløre deres flyvepladser i Danmark. Hangaren på Rye blev sløret ved at bygge et stort træskelet op omkring den, hvorpå der blev opsat sløring, så den kom til at fremstå som en bakke.
I løbet af kort tid begyndte udbygningen af flyvepladsen, som bestod i mandskabsbarakker, køkkenbarakker, bunkers og lagerbarakker – nogle delvis nedgravet – til ammunition o.l. For at lette transporten rundt på pladsen, blev der anlagt en betonvej og en ensporet smalsporsbane med tilhørende betonrampe. Ved stationen i Ry, et par kilometer borte, blev der opført en lignende rampe, hvorfra der under det meste af krigen var ugentlige transporter til flyvepladsen på store lastbiler.
I de første par dage blev der desuden etableret en midlertidig kantbelysning af forhåndenværende lygter, så pladsen kunne bruges i mørke. Først et par måneder senere blev der etableret en mere permanent løsning, og først den 30. august 1942 meldte Rye sig klar til natlandinger.
Rundt om hele området blev der rejst et to meter højt pigtrådshegn, med bevogtning af ind- og udkørselsveje, så det var nødvendigt med et “ausweis” for at komme igennem. Udover disse ændringer skete der ikke udbygninger af selve flyvefeltet. Rundt omkring flyvepladsen blev der desuden opført en del antiluftskyts stillinger. Alle disse udvidelser af Rye flyveplads betød, at pladsen blev en af de største arbejdspladser på egnen, hvor mange arbejdsløse fik arbejde.
Efter den norske kapitulation mistede pladsen hurtigt sin betydning, og der var aldrig nogen flyvende enheder fast stationeret på Rye. Den anvendtes primært til mellemlandinger, og fungerede desuden som uddannelsesplads ogm støttepunkt. I maj 1942 fungerede pladsen som gymnastikskole (Luftwaffensportschule Rye) og skole for svæveflyvning, og sådan fortsatte den i 1943/44. Den blev desuden brugt som nødlandingsplads.
En tysk pilot, Josef Rosam, beskriver sin flyveruddannelse således (uddrag af brev via Jørn Junker): “Efter en flyverduelighedsprøve i maj 1943 i Athen, blev jeg med 7 andre flyvere fra enheden sendt til Tyskland til Flugzeugführer-Schule A/B 4 – Neudorf/Oppeln. Derfra gik turen fra 01.08.43 til 21.10.43 til Danmark for svæveflyveruddannelse. Ved Luftwaffe-Segelfluggruppe i Rye, Danmark, modtog vi undervisning til Luftfahrerschein Klasse I, som jeg blev tildelt 18.10.43. Den 22.10.43 blev jeg sendt til Flugzeugführerschule 118 i Stettin, hvor motorflyveruddannelsen begyndte på Bü 181, Bü 131 og C 445.”
Pladsens navn gennem krigen var som følger (kilde Jørn Junker):
04.40-juni/juli 1940: Fliegerhorstkdtr. E 63/XI Rye. Feldpostnr.: L 30049
1941: ikke operativ
02.42-01.43: Flugstützpunktkdo. 18/XI Rye. Feldpostnr.: L 19206, som blev bibeholdt til maj 1945
02.43-04.44: Flugplatzkdo. A 15/XI Rye
04.44-05-45: Platzkdo. A (o) 102/XI Rye
Selvom pladsen fungerede som uddannelsesplads, havde den aldrig betegnelsen Fliegerschule. Det var udelukkende enheder med tilknytning til pladsen, der havde et sådant navn.
Pladsens kommandanter i løbet af krigen var følgende (kilde Jørn Junker):
1940: ukendt
02.42-09.42: Hauptmann Johannes Lüthe
09.42-02.44: Major Eduard v. Stetten
03.44-05.45: Major Arthur Trost
Hauptmann Johannes Lüthe døde den 5/9-42 af hjertestop/forkalkning og blev begravet på Frederikshavn Krigskirkegård (grav nr. 423).
Der findes generelt ganske få officielle kilder vedr. tyskernes brug af flyvepladsen, specielt indtil 1942, hvilket antyder at den ikke var operativ i 1941, sandsynligvis pga. byggeaktiviteter.
Billedet herover viser en Junkers Ju 52 fra blindflyveskole FFS B 36 (Flugzeugführerschule B 36, tidligere Blindflugschule 6) under en mellemlanding på Rye den 11. december 1943, i forbindelse med en navigationsflyvning. FFS B 36 var på dette tidspunkt stationeret på Wesendorf i Tyskland, med en tilknyttet base i Gardelegen. Den tredje person fra venstre er instruktøren Ludwig Waldmann, mens resten er flyve- og radioelever. Den camouflerede hangar, fra 1939, kan lige anes til højre i billedet, under flyets venstre vinge.
Nogle kilder angiver, at der til pladsen var knyttet et observations- og forbindelsesfly af typen Fieseler Fi 156 Storch, mens andre stiller sig mere tvivlende overfor dette, og pladsens forholdsvis ringe betydning taget i betragtning, er det nok også tvivlsomt, om der har været behov for at have et fly fast tilknyttet. Højst sandsynligt har der aldrig været noget fly fast stationeret på pladsen. Ganske vist blev svæveflyene til tider trukket op vha. et fly, men for det meste foregik det med et spil. På et tidspunkt blev der efter sigende foretaget øvelsesflyvninger over Salten Langsø, hvor man øvede nedkastninger af en torpedoligende genstand mod mål placeret i søen. I søen var der markeret en ca. 500 meter lang bane med en sort malet pram i den ene ende. Øvelserne blev tilsyneladende udført af en Junkers Ju 88, men oplysningerne stammer udelukkende fra øjenvidner, og er ikke bekræftet af officielle dokumenter. Umiddelbart lyder det underligt, at man skulle have udført disse øvelser ved Salten Langsø, i betragtning af at det vil kræve flyvning i lav højde i et område med mange bakker. Det beskrevne omfang kan derfor meget vel være overdrevet.
Flyvepladsen var ikke det eneste militære anlæg i egnen omkring Ry. I Hemstok, mellem Ry og Skanderborg, blev radarstationen “Adler” opført, der dog ikke havde nogen tilknytning til flyvepladsen. Desuden var der placeret luftmeldeposter i omegnen bl.a. på Himmelbjerget og Himmelbjerggården. I januar 1945 bestod mandskabsstyrken ved Kdo. Rye af 6 officerer og 1246 befalingsmænd og menige.