1938 sæsonen var mere eller mindre på forsøgsbasis, men den 25. november s.å. kunne man læse i den lokale avis, at der også den følgende sommer ville blive fløjet på Silkeborg flyveplads, dog med væsentlige ændringer i fartplanen. I modsætning til den første sæson blev det med morgenflyvning fra Hamburg, altså den modsatte vej i forhold til tidligere. Til højre ses forsiden af den officielle fartplan for Provins Luftruterne i 1939 (grafik via Björn Larsson og Tom Heitzman), med OY-DIN i bagrunden.
Der blev afgang fra Hamburg klokken 8 med en de Havilland D.H. 89 Dragon Rapide (OY-DIN) og ankomst i Aalborg klokken 11, efter mellemlanding i Esbjerg og Silkeborg. Fra Aalborg blev der foruden København også forbindelse til Kristianssand. Dragon Rapide flyet returnerer til Hamburg igen klokken 14. For at være klar til den nye flyvesæson, der startede omkring den 1. maj, havde 40-50 mand i vinteren 38/39, når vejret tillod det, været travlt beskæftiget med at forbedre flyvepladsen, bl.a. med hjælp fra en af Hedeselskabets fræsere.
Arbejdet bestod i planering af hele flyvefeltet. I alt blev der flyttet 16-17.000 kubikmeter jord og påkørt 5.000 kubikmeter sten, som blev tromlet ned. Ovenpå stenene blev der lagt ca. 10.000 kubikmeter muldjord i et lag på ca. 35 cm, som blev sået til med 500 kg græsfrø. Alt i alt en samlet pris på omkring 75.000 kr. Desuden blev pladsen udvidet med 50-60 tønder land til ca. 150 tønder land.
Fartplanen for ’39 sæsonen ses på nedenstående grafik.
Den lille hangar blev revet ned til fordel for en ny og større. I tilknytning hertil blev der opført en ankomst- og afgangshal (administrationsbygning), med betonfundament, underligt nok det eneste sted, hvor der blev brugt beton, i betragtning af at pladsen tilhørte lederen af et stort cementfirma.
Pga. de mange besøgende på pladsen besluttede Rye Sogneråd at istandsætte vejen ud til pladsen. Den eksisterende busrute mellem Skanderborg og Silkeborg fik af Amtsrådet tilladelse til også at omfatte Rye flyveplads. I løbet af sommeren 1939 blev den eksisterende isbod udvidet til også at omfatte et traktørsted.
Den 10. juni 1939 ankom en Heinkel He 72 Kadett fra Berlin til Rye flyveplads med et svæveplan af typen Grunau Baby på slæb. De tyske fly var afmærket med hagekors på haleroret, og var altså en forsmag på, hvad der var i vente. Dagen efter gik turen mod Viborg, hvor Oberstinde Harriet Førslev skulle give opvisning i det tyske svæveplan.
I dagene fra den 19. til den 24. juni var Jylland rammen om den hidtil største militære flyveøvelse i Danmark med 30-40 maskiner. I denne forbindelse blev Rye flyveplads base for tre fly samt staben, med de Havilland D.H. 90 Dragonfly (reg. S-24) og Gloster Gauntlet. Alle meldinger om øvelsens forløb blev altså rapporteret til Rye. Om formålet med øvelsen udtalte Oberstløjtnant Tage Andersen, chef for Jydske Flyvertropper: “…Det, det går ud på, er i korthed at søge at bibringe Hærens flyvere og observatører grundigt kendskab til Jylland, således at de – om den tunge time skulde slå – er velorienterede med hensyn til hele vort lands struktur” – en viden der, som det senere skulle vise sig, ikke blev brug for.
Den jyske længderute startede ’39 sæsonen den 1. maj, men pga. de omfattende arbejder på pladsen nåede Rye flyveplads ikke at blive godkendt til sæsonstarten. Man havde bl.a. problemer med at få græsbevoksningen klar. Ingeniør Eskildsen inspicerede pladsen den 14. juni, og den 22. juni gik den første rutemaskine ned på pladsen, efter at jorden var blevet så hård, at landing kunne foretages uden risiko. Usikkerheden mht. pladsens åbning betød i øvrigt at de udenlandske bureauer var forsigtige med at anvise pladsen i starten af sæsonen.
En af de mest dramatiske begivenheder på Rye flyveplads i 1939 indtraf den 6. august. Pga. tordenvejr blev rutemaskinen fra Esbjerg til København tvunget til at mellemlande på Rye, fordi både Esbjerg og Aalborg var lukket pga. uvejret. Alle passagerne blev derefter kørt i taxi til Århus, hvorfra de sejlede til København. Desuden blev et fransk bombefly tvunget til at lande ved Horsens.
Ved krigsudbruddet den 1. september 1939 blev der udstedt forbud mod al civil flyvning over tysk territorium, men også i Danmark blev der indført restriktioner. Dette gik bl.a. ud over den jyske længderute, der som bekendt havde endemål i Hamburg. Der blev dog ført forhandlinger om dispensation fra forbuddet, så ruten til Berlin kunne genåbnes. Disse forhandlinger fik ingen betydning for den jyske længderute, men ruten til Berlin blev genåbnet. Rye Flyveplads fortsatte imidlertid som almindelig civil flyveplads.
Rye flyveplads’ tid som civilflyveplads fik en brat afslutning, da pladsens telegrafist den 9. april 1940 fik 10 minutter til af fjerne sine private ejendele, inden tyskerne overtog pladsen. Rye flyveplads fik dog en kort opblomstring som civilflyveplads senere under krigen.